Selon les rapports de la FDA, les effets secondaires les plus courants du sémaglutide comprennent les nausées, la diarrhée, les vomissements, la constipation, les douleurs abdominales, les ballonnements, les étourdissements, les maux de tête, l'indigestion, l'hypoglycémie, la gastro-entérite et le reflux gastro-œsophagien.

Dans les cas plus graves, le sémaglutide peut provoquer une pancréatite, des calculs biliaires, une lésion rénale aiguë, des lésions rétiniennes et une augmentation de la fréquence cardiaque.

Les personnes prenant du sémaglutide ont une incidence de pancréatite 4,6 fois plus élevée que celles prenant d'autres types de médicaments amaigrissants-, et cela est également associé à une incidence accrue de gastroparésie.